Μελέτη Οντολογιών στο Χώρο της Βιοπληροφορικής Διπλωματική εργασία. Πανεπιστήμιο Πατρών Πολυτεχνική Σχολή Τμήμα Μηχανικών Η/Υ & Πληροφορικής Νικόλαος Χαρδαλιάς; Αθανάσιος Τσακαλίδης καθηγητής

βιβλιογραφία : σσ. 153 - 157

Δομή της εργασίας Κεφάλαιο 1 1. Ορισμός της έννοιας της οντολογίας Εισαγωγή 1.1 Η οντολογία στην φιλοσοφία 1.2 Οντολογία και λογική 1.3 Η οντολογία ως εργαλείο αναπαράστασης γνώσης 1.4 Η οντολογία στην επιστήμη της πληροφορικής 1.5 Η δομή μιας οντολογίας 1.6 Μεθοδολογία ανάπτυξης οντολογιών 1.7 Τα εργαλεία ανάπτυξης οντολογιών 1.8 Οι γλώσσες αναπαράστασης οντολογιών Κεφάλαιο 2 2. Στοιχεία Βιοπληροφορικής 2.1 Κατευθύνσεις της Μοριακής Βιολογίας και υπολογιστικά προβλήματα 2.2 Τομείς έρευνας της Βιοπληροφορικής 2.3 Τα βιολογικά δεδομένα 2.4 Κατηγοροποίηση Βιολογικών Δεδομένων 2.5 Οι οντολογίες στη Βιοπληροφορική 2.6 Γενικά στοιχεία βιοντολογιών και το παράδειγμα της GOAT Κεφάλαιο 3 3. Περιγραφή των Οντολογιών Εισαγωγή Λίστα βιο - οντολογιών 3.1 Gene Ontology Consortium 3.2 Plant Ontology Consortium 3.3 TAIR 3.4 Gramene 3.5 Hupo - Proteomics Standards Initiative 3.6 Maize Mapping Project 3.7 DictyBase 3.8 Flybase 3.9 Mesquite 3.10 EvocOntologyDotOrg 3.11 MGED - Microarray Gene Expression Data 3.12 Fungal Anatomy Ontology 3.13 Human developmental anatomy 3.14 Disease Ontology 3.15 InterPro 3.16 Medaka Fish Ontology 3.17 MGI 3.18 Mammalian Phenotype Browser 3.19 NCI Thesaurus 3.20 SwissProt organismal classification 3.21 Parasite LIfe-cyle Ontology 3.22 The Sequence Ontology Project 3.23 WormBASE 3.24 Zebrafish Anatomical Ontology Κεφάλαιο 4 4. Εργαλεία ανάπτυξης ονολογιών και εξειδίκευση στο χώρο της Βιοπληροφορικής Εισαγωγή 4.1 Protege - 2000 4.2 Ontoligua 4.3 Ontosaurus 4.4 Sigma 4.5 ArgoUML 4.6 Oiled 4.7 KAON 4.8 Chimaera 4.9 OpenKnoME 4.10 Ontology Construction Tool Kit 4.11 Εξειδίκευση στην Βιοπληροφορική 4.12 Οργάνωση της αξιολόγησης 4.13 Συμπεράσματα Κεφάλαιο 5 5. Συμπεράσματα 5.1 Αποτίμηση εργασίας 5.2 Επέκταση της έρευνας 5.3 Σύνοψη Συμπερασμάτων Βιβλιογραφία